Biodujų gamybos procesas yra inertinis procesas, todėl tais atvejai, kai staiga nutrūksta biodujų vartojimas, o pūdymo procesas tebevyksta, jas reikia arba kaupti tam skirtose talpyklose arba sudeginti, nes ilgalaikiai metano išmetimai į aplinką yra draudžiami. Kai tokie avariniai įvykiai yra reti, biodujų kaupimas nėra tikslingas, todėl šiais atvejais jos deginamos avarinėse žvakėse. Deginimo metu metano dujos paverčiamos anglies dioksidu, kuris, būdamas antros kartos dujomis, yra draugiškas aplinkai ir jo išmetimai niekaip neribojami.